L'Institut Benjamin Delessert soutient la recherche en nutrition, dans les domaines des sciences médicales, humaines et sociales. Dans ce cadre, il décerne chaque année 3 prix :

- le Prix Benjamin Delessert : Crée en 1988, il récompense un chercheur de renom pour l’ensemble de ses travaux. Le jury de ce prix, constitué des membres du Comité Scientifique de l'Institut Benjamin Delessert, décerne un prix d'un montant de 5.000 €.

- les Prix de Projet de Recherche : Ces prix récompensent une dizaine d'équipe de recherche. Le montant de chaque prix, déterminé par le jury, est au maximum de 20.000 €.

- Le Prix Trémolières : Ce Prix récompense un ouvrage éclairant la psychologie alimentaire, les habitudes et comportements alimentaires individuels ou collectifs. Le Prix Jean Trémolières est décerné depuis 1986. Le Jury est composé des membres du Comité Scientifique de l'Institut Benjamin Delessert. Le montant du Prix est de 3.000 €.