Prix Projets de recherche Sélection de gènes impliqués dans le métabolisme glucidique pour des puces à ADNc dédiées Obésité à usage diagnostic et prédictif.

Année 2004
Auteur Arriel Benis
Centre de recherche Laboratoire d’Informatique Médicale et BIOinformatique Université PARIS Nord - PARIS XIII et Equipe Projet Multi-Laboratoire IAPuces du CNRS (EPML32) (Directeur de thèse : Jean-Daniel ZUCKER Responsables du laboratoire : Alain VENOT et Jean-Daniel ZUCKER)
Thème Bioinformatique
Type Projets de recherche

Etat de la question

Actuellement peu de travaux s’intéressent à l’étude des phénotypes en corrélation avec les données des biopuces. Ils se limitent la plupart du temps à l’analyse des expressions géniques vs. les conditions expérimentales. Il peut s’avérer d’intérêt d’ajouter une 3ème dimension à ces études : les données biocliniques.

But du travail / hypothèse / objectif

Définir les relations qui existent entre les expressions géniques dans certaines conditions expérimentales (ex : régime basses calories..) et les données biocliniques (par exemple glycémie, insulinémie,…). Ces relations ne sont le plus souvent pas linéaires. Il s’agit donc de les classer pour en tirer des profils de variations.

Résultats attendus / obtenus et valorisation

D’un point de vue recherche en informatique médicale, conception en cours d’un environnement d’aide à la découverte des relations entre les données d’expression géniques issues des puces à ADNc, et des données biocliniques. Mise en ligne prévue prochainement de « DiscoClini » (l’environnement d’aide à la découverte, aboutissement de cette recherche).

Du point de vue des applications en sciences biologiques et médicale, dans l’étude des obésités notamment, expérimentations en cours de « DiscoClini » sur différentes sources de données, issues de protocoles de recherches cliniques.

Etapes successives et avancement des travaux

Projet se décomposant en 2 grandes phases :

  • Recherche, développement et optimisation d’algorithmes pour les données
  • Validation des résultats obtenus.

Conclusions et perspectives

Principalement création de puces à ADNc « dédiées », par exemple à la prédiction d’états cliniques faisant suite à un régime à visée thérapeutique, ou encore au diagnostic de pathologies survenant chez l’obèse.

Publications

Benis A. DiscoClini : un environnement pour l’aide à la découverte de corrélations entre des données d’expression génique et des données biocliniques,

Journée Francophone d’Informatique Médicale 2007.